COVID-19 outbreaks among crew members in non-cruise vessels anchoring in Salvador, Brazil, 2021

BACKGROUND The coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, caused by the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), has affected the maritime sector due to virus transmission onboard and traffic restrictions. However, reports of SARS-CoV-2 transmission on board have been mostly restricted to those occurring on cruise ships. OBJECTIVES To report COVID-19 outbreaks in eight non-cruise vessels and discuss measures to prevent and control the onboard transmission of SARS-CoV-2. METHODS We investigated outbreaks of COVID-19 on vessels anchoring in Baía de Todos-os-Santos, Salvador, Brazil, between February and November 2021. FINDINGS Most vessels were cargo ships that had docked several times before anchoring in Salvador (five had docked in ≥ 9 ports). The crew ranged from 22 to 63 members. The infection attack rate on each vessel ranged from 9.7 to 88.9%. The risk of symptomatic infection largely varied among the crew of each vessel (0 to 91.6%). Overall, the risk of developing COVID-19 signs and symptoms was lower among crew members vaccinated (age-adjusted risk ratio: 0.19; 95% confidence interval 0.06-0.65). SARS-CoV-2 variants not previously identified in Salvador were detected (C.14, B.1.617.2 and B.1.351). MAIN CONCLUSIONS Despite maritime guidelines to avert COVID-19 on board, outbreaks have happened. The multiple stopovers of non-cruise vessels during their routes may contribute to the spread of SARS-CoV-2 variants worldwide. Reducing the onboard transmission of SARS-CoV-2 depends on joint efforts by the crew and local health authorities and, equally important, achieving high vaccination coverage to prevent infections and illness.

Experiência do laboratório central de Saúde Pública da Bahia no enfrentamento da pandemia da Covid-19 / Experience of the central laboratory of Public Health of Bahia in coping with the Covid-19 pandemic / Experiencia del laboratorio central de Salud Pública de Bahía en el afrontamiento de la pandemia Covid-19

A Covid-19 é uma doença infecciosa causada pelo novo coronavírus, denominado SARS-CoV-2, que causou um surto de pneumonia viral incomum em pacientes em Wuhan, na China, no final do ano de 2019. O vírus se disseminou pelo mundo em grandes proporções, atingindo o status epidemiológico de pandemia. Diante desse cenário, que afetou toda a Federação brasileira, o Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz (Lacen-BA) tem exercido papel fundamental no diagnóstico da Covid-19 e na vigilância genômica do SARS-CoV-2. Nesse sentido, este estudo tem como objetivo descrever as estratégias implementadas pelo Lacen-BA para ampliar a capacidade diagnóstica e atender a demanda da rede SUS-BA no contexto da pandemia da Covid-19. Trata-se de um estudo descritivo-observacional, orientado por um modelo lógico sustentado em quatro dimensões: parque tecnológico, metodologias analíticas, descentralização do exame e monitoramento de indicadores de resultados. As iniciativas de gestão possibilitaram ampliação da capacidade instalada e operacional, mediante modernização da estrutura física, renovação do parque tecnológico, reorganização dos fluxos e processos de trabalho, aporte de novas tecnologias analíticas e estruturação de dashboard para monitorar indicadores e subsidiar o processo decisório. O Lacen-BA, enquanto coordenador da Rede Estadual de Laboratórios de Saúde Pública e sistema de apoio da Rede de Atenção à Saúde (RAS), constitui-se então em estruturas policêntricas essenciais para o diagnóstico descentralizado e regionalizado da Covid-19, contribuindo para a integração sistêmica das ações e serviços no contexto da regionalização da saúde, de modo a garantir a universalidade do acesso e integralidade dos cuidados aos usuários do SUS.

Covid-19 is an infectious disease caused by the new coronavirus, called SARS-CoV-2, which caused an outbreak of unusual viral pneumonia in patients in Wuhan, China, at the end of 2019 and spread across the world, in large proportions, reaching the epidemiological status of a pandemic. Considering this epidemiological scenario that affected the entire Brazilian Federation, the Central Laboratory of Public Health Professor Gonçalo Moniz (Lacen-BA) has played a fundamental role in the diagnosis of Covid-19 and the genomic surveillance of SARS-CoV-2. In this sense, this study aims at describing the strategies implemented by Lacen-BA to expand the diagnostic capacity to meet the demand of the SUS-BA network, in the context of the Covid-19 pandemic. This is a descriptive-observational study, guided by a logical model based on four dimensions: technological park, analytical methodologies, decentralization of the exam and monitoring of result indicators. The management initiatives enabled the expansion of the installed and operational capacity by modernizing the physical structure, renewing the technological park, reorganizing workflows and processes, providing new analytical technologies, structuring the dashboard to monitor indicators and support the decision-making process. The Lacen-BA, as coordinator of the State Public Health Laboratory Network and support system of the Health Care Network (RAS), constitutes essential polycentric structures for the decentralized and regionalized diagnosis of Covid-19, which can contribute to the systemic integration of actions and services in the context of regionalization of health to guarantee the universality of access and comprehensive care to SUS users.

El covid-19 es una enfermedad infecciosa causada por el nuevo coronavirus, llamado SARS-CoV-2, que provocó un brote de neumonía viral inusual en pacientes en Wuhan, China, a fines de 2019, y que se extendió por el mundo, en grandes proporciones hasta alcanzar el estado epidemiológico de pandemia. Ante este escenario epidemiológico que afectó a Brasil, el Laboratorio Central de Salud Pública Profesor Gonçalo Moniz (Lacen-BA) ha jugado un papel fundamental en el diagnóstico del covid-19 y la vigilancia genómica del SARS-CoV-2. En este sentido, este estudio tiene como objetivo describir las estrategias implementadas por Lacen-BA para ampliar la capacidad de diagnóstico y atender la demanda de la red SUS-BA, en el contexto de la pandemia del Covid-19. Este estudio es descriptivo-observacional, guiado por un modelo lógico con base en cuatro dimensiones: parque tecnológico, metodologías analíticas, descentralización del examen y seguimiento de indicadores de resultado. Las iniciativas de gestión permitieron ampliar la capacidad instalada y operativa al modernizar la estructura física, renovar el parque tecnológico, reorganizar los flujos y procesos de trabajo, brindar nuevas tecnologías analíticas y estructuración del cuadro de mando para monitorear indicadores, y apoyar la toma de decisiones. Lacen-BA, como coordinador de la Red Estadual de Laboratorios de Salud Pública y sistema de apoyo de la Red de Atención a la Salud (RAS), constituye estructuras policéntricas imprescindibles para el diagnóstico descentralizado y regionalizado del Covid-19, que pueden contribuir a la integración sistémica de acciones y servicios en el contexto de la regionalización de la salud, a fin de garantizar la universalidad del acceso y la atención integral a los usuarios del SUS.

Taxa de infecção do vírus linfotrópico de células T humanas (HTLV), vírus da hepatite C (HCV), coinfecção HTLV/HCV no estado da Bahia e impacto da coinfecção HTLV/HCV no perfil de citocinas / Infection rate of Human T-cell lymphotropic virus (HTLV), hepatitis C virus (HCV), HTLV / HCV coinfection in state of the Bahia and impact of HTLV / HCV coinfection on cytokine profile

Iintrodução: Os vírus linfotrópico de células T humanas (HTLV) e vírus da hepatite C (HCV) são endêmicos no Brasil. Ambos causam uma infecção persistente, assintomática em alguns casos, sendo o diagnóstico tardio. Estes vírus compartilham algumas vias de transmissão, o que pode favorecer a coinfecção. OBJETIVOS: Determinar a taxa de infecção do HTLV, HCV e coinfecção HTLV/HCV no estado da Bahia. Descrever o perfil de citocinas inflamatórias nos indivíduos coinfectados com HTLV/HCV. Métodos: Um estudo retrospectivo ecológico foi conduzido usando o banco de dados do LACEN ­ Bahia. Todos os testes sorológicos para HTLV e HCV foram selecionados entre as 32 microrregiões da Bahia, no período de 2004 a 2013, constituindo um banco com 602.908 registros únicos. Para a avaliação imune, foram selecionados prospectivamente amostras de 31 indivíduos coinfectados HTLV/HCV e de 27 indivíduos monoinfectados com HCV, recebidas no LACEN para quantificar a carga viral do HCV no período de 2014 a 2016. Foram analisadas as citocinas IFN-γ, TNF-α, IL-10, IL-8 e IL-1. O grupo controle foi formado por 30 indivíduos sadios. Resultados: Foram avaliadas 233.876 amostras para o diagnóstico laboratorial do HTLV. Destas, 1.813 (91,7%) foram positivas para HTLV-1 (prevalência de 0,78%), 58 (2,9%) para HTLV-2 (prevalência de 0,025%) e 107 (5,4%) foram positivas para ambos HTLV-1 e HTLV-2 (prevalência de 0,05%). A taxa de infecção na Bahia foi 0,84% (14,4 casos /100.000 habitantes). A infecção pelo HTLV foi predominante em mulheres (75%) com média de idade de 46 anos. Foram identificados três novos clusters do HTLV, localizados nas regiões Sul, Central e Oeste do estado. Amostras de 247.837 indivíduos foram avaliadas para o diagnóstico laboratorial do HCV. A taxa de infecção do HCV foi de 1,3% que corresponde a 21,2 casos/ 100.000 habitantes. Os homens com idade acima de 55 anos foram os mais acometidos. A cidade de Ipiaú apresentou a maior taxa de infecção para o HCV (112,04 casos/100.000 habitantes). Os genótipos 1 e 3 foram mais prevalentes, seguidos dos genótipos 2, 4 e 5. Para determinar a taxa de coinfecção entre HTLV e HCV amostras de 120.192 indivíduos foram avaliados. A taxa de infecção do HTLV/HCV foi de 14,3% que equivale a 2,8 casos/100.000 habitantes. Os casos de coinfecção HTLV/HCV predominou em homens com média de idade de 59 anos. As maiores taxas foram encontradas em três microrregiões: Salvador, Ilhéus-Itabuna e Porto Seguro. Quanto ao perfil de citocinas, o grupo coinfectados HTLV/HCV teve uma maior tendência a produzir IFN-γ, comparado ao grupo monoinfectado HCV. Houve uma correlação positiva entre os pares IL-1 e IL-8 no grupo coinfectado pelo HTLV/HCV e entre os pares IL-8 - IL10 e INF-γ - IL-10 no grupo monoinfectado pelo HCV. Conclusões: As infecções pelo HTLV e HCV estão disseminadas nas microrregiões do estado Bahia, no entanto a coinfecção HTLV/HCV está concentrada em apenas três microrregiões. A coinfecção HTLV/HCV está associada à produção de IFN-γ, enquanto indivíduos infectados pelo HCV apresentaram correlação positiva entre as citocinas inflamatórias (IL-8 e IFN-γ) e a citocina reguladora IL-10

Performance of commercially available serological screening Tests for human T-Cell lymphotropic virus infection in Brazil

ABSTRACT Serological screening for human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) is usually performed using enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), particle agglutination, or chemiluminescence assay kits. Due to an antigen matrix improvement entailing the use of new HTLV antigens and changes in the format of HTLV screening tests, as well as newly introduced chemiluminescence assays (CLIAs), a systematic evaluation of the accuracy of currently available commercial tests is warranted. We aimed to assess the performance of commercially available screening tests for HTLV infection diagnosis. A diagnostic accuracy study was conducted on a panel of 397 plasma samples: 200 HTLV-negative plasma samples, 170 HTLV-positive plasma samples, and 27 plasma samples indeterminate by Western blotting (WB). WB-indeterminate samples (i.e., those yielding no specific bands for HTLV-1 and/or HTLV-2) were assessed by PCR, and the results were used to compare agreement among the commercially available ELISA screening tests. For performance analysis, WB-indeterminate samples were excluded, resulting in a final study panel of 370 samples. Three ELISA kits (Murex HTLV-1/2 [Murex], anti-HTLV-1/2 SYM Solution [SYM Solution], and Gold ELISA HTLV-1/2 [Gold ELISA]) and one CLIA kit (Architect rHTLV- 1/2) were evaluated. All screening tests demonstrated 100% sensitivity. Concerning the HTLV-negative samples, the SYM Solution and Gold ELISA kits had specificity values of 99.5%, while the Architect rHTLV-1/2 test presented 98.1% specificity, followed by Murex, which had a specificity of 92.0%. Regarding the 27 samples with WB-indeterminate results, after PCR confirmation, all ELISA kits showed 100% sensitivity but low specificity. Accuracy findings were corroborated by the use of Cohen's kappa value, which evidenced slight and fair agreement between PCR analysis and ELISAs for HTLV infection diagnosis. Based on the data, we believe that all evaluated tests can be safely used for HTLV infection screening.

Indeterminate RIBA results were associated with the absence of hepatitis C virus RNA (HCV-RNA) in blood donors

Introduction: Hepatitis C virus (HCV) infection is diagnosed by the presence of antibodies and is supplemented by confirmatory testing methods, such as recombinant immunoblot assay (RIBA) and HCV-RNA detection. This study aimed to evaluate the efficacy of RIBA testing to diagnose HCV infection in blood donors positive for anti-HCV antibodies. Methods: A total of 102 subjects positive for anti-HCV determined by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) at the Hematology and Hemotherapy Foundation of Bahia (HEMOBA) were later assessed with new samples using the Abbott Architect anti-HCV test (Abbott Diagnostics, Wiesbaden, Germany), the RIBA III test (Chiron RIBA HCV 3.0 SIA, Chiron Corp., Emeryville, CA, USA), the polymerase chain reaction (PCR; COBAS® AMPLICOR HCV Roche Diagnostics Corp., Indianapolis, IN, USA) and line probe assay (LiPA - Siemens, Tarrytown, NY, USA) genotyping for HCV diagnosis. Results: Of these new samples, 38.2% (39/102) were positive, 57.8% (59/102) were negative and 3.9% (4/102) were indeterminate for anti-HCV; HCV-RNA was detected in 22.5% (23/102) of the samples. RIBA results were positive in 58.1% (25/43), negative in 9.3% (4/43) and indeterminate in 32.6% (14/43) of the samples. The prevailing genotypes were 1 (78.3%, 18/23), 3 (17.4%, 4/23) and 2 (4.3%, 1/23). All 14 samples with indeterminate RIBA results had undetectable viral loads (detection limit ≤50 IU/mL). Of these samples, 71.4% (10/14) were reevaluated six months later. Eighty percent (8/10) of these samples remained indeterminate by RIBA, and 20% (2/10) were negative. Conclusions: In this study, individuals with indeterminate RIBA results had no detectable HCV-RNA. .

Avaliação da utilização do teste immunoblot recombinante (RIBA) no diagnóstico da infecção pelo vírus da hepatite c (VHC) em doadores de sangue com anti-VHC reagente / Evaluation of the use of recombinant immunoblot test (RIBA) in the diagnosis of infection with hepatitis C virus (HCV) in blood donors with anti-HCV reagent

A infecção pelo vírus da hepatite C (VHC) é comumente assintomática e apresenta uma elevada taxa de cronicidade, podendo evoluir para cirrose e carcinoma hepatocelular. O diagnóstico da hepatite C é realizado através da pesquisa de anticorpos pelo teste de ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) e confirmado por testes suplementares, tais como o RIBA (Recombinant Immunoblot Assay) e westernblot e teste confirmatório, como a pesquisa do VHC-RNA. O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficácia do RIBA no diagnóstico da infecção pelo VHC em doadores de sangue com anti-VHC reagente. Foram analisadas 102 amostras com resultado de anti-VHC reagente naEMOBA, utilizando-se o teste anti-VHC Architect Abbott por quimioluminescência para detecção dos anticorpos anti-VHC, o RIBA III (CHIRON) como teste suplementar para as amostras anti-VHC reagentes e indeterminadas e a Reação em Cadeia da Polimerase (RT-PCR) convencional ou em tempo real (Amplicor Roche) para detecção do VHC- NA. As amostras com VHC-RNA detectável foram genotipadas por hibridização reversa (LIPA; SIEMENS). Das 102 amostras analisadas no LACEN, 38,2% (39/102) foram reagentes, 57,8% (59/102) foram não reagentes e 3,9% (4/102) foram indeterminadas para o anti-VHC. Os resultados do RIBA foram 58,1% (25/43) positivos, 9,3% (4/43) negativos e 32,6% (14/43) indeterminados. Todas as amostras com resultado de RIBA indeterminado tiveram carga viral indetectável. As bandas predominantes nas amostras indeterminadas foram c33 e c22. Das amostras indeterminadas no RIBA, repetidas após seis meses com nova coleta, 20% (2/10) negativaram e 71,4% (10/14) permaneceram RIBA indeterminado. Destas, (8/10) continuaram indeterminadas com o mesmo padrão de bandas. O VHC-RNA foi realizado em todas as amostras do estudo (102) e foi detectável em apenas 22,5% (23/102). Todas as amostras com VHC-RNA detectável foram RIBA positivo e tinham índex maior que cinco na relação S/CO. Em apenas duas amostras que tiveram resultado de RIBA positivo, o VHC-RNA não foi detectado. As 23 amostras com VHC-RNA detectável foram genotipadas, sendo 78,3% (18/23) do genótipo 1, 17,4% (4/23) do genótipo 3 e 4,3% (1/23) do genótipo 2. A positividade do anti-VHC associou-se com o uso de droga intranasal (< 0,001), com drogas injetáveis (< 0,001)) e ocorrência de DST (< 0,05). Diante dos resultados encontrados, observa-se que o RIBA apresenta um elevado número de resultados indeterminados, sendo necessária a realização do VHC-RNA para a confirmação da infecção pelo VHC. Indivíduos com resultado de anti-VHC índex menor que cinco e resultado de RIBA indeterminado têm grande probabilidade de não apresentarem o VHC-RNA detectável e portanto, de não estarem infectados pelo VHC, mas devem ser acompanhados sorologicamente, de acordo com o critério médico.

Avaliação da utilização do teste immunoblot recombinante (RIBA) no diagnóstico da infecção pelo vírus da hepatite C (VHC) em doadores de sangue com anti-VHC reagente / Evaluation of the use of the immunoblot test (RIBA) in the diagnosis of hepatitis C virus (HCV) infection in blood donors with anti-HCV reagent

A infecção pelo vírus da hepatite C (VHC) é comumente assintomática e apresenta uma elevada taxa de cronicidade, podendo evoluir para cirrose e carcinoma hepatocelular. O diagnóstico da hepatite C é realizado através da pesquisa de anticorpos pelo teste de ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) e confirmado por testes suplementares, tais como o RIBA (Recombinant Immunoblot Assay) e westernblot e teste confirmatório, como a pesquisa do VHC-RNA. O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficácia do RIBA no diagnóstico da infecção pelo VHC em doadores de sangue com anti-VHC reagente. Foram analisadas 102 amostras com resultado de anti-VHC reagente na HEMOBA, utilizando-se o teste anti-VHC Architect Abbott por quimioluminescência para detecção dos anticorpos anti-VHC, o RIBA III (CHIRON) como teste suplementar para as amostras anti-VHC reagentes e indeterminadas e a Reação em Cadeia da Polimerase (RT-PCR) convencional ou em tempo real (Amplicor Roche) para detecção do VHC-RNA. As amostras com VHC-RNA detectável foram genotipadas por hibridização reversa (LIPA; SIEMENS). Das 102 amostras analisadas no LACEN, 38,2% (39/102) foram reagentes, 57,8% (59/102) foram não reagentes e 3,9% (4/102) foram indeterminadas para o anti-VHC. Os resultados do RIBA foram 58,1% (25/43) positivos, 9,3% (4/43) negativos e 32,6% (14/43) indeterminados. Todas as amostras com resultado de RIBA indeterminado tiveram carga viral indetectável. As bandas predominantes nas amostras indeterminadas foram c33 e c22. Das amostras indeterminadas no RIBA, repetidas após seis meses com nova coleta, 20% (2/10) negativaram e 71,4% (10/14) permaneceram RIBA indeterminado. Destas, (8/10) continuaram indeterminadas com o mesmo padrão de bandas. O VHC-RNA foi realizado em todas as amostras do estudo (102) e foi detectável em apenas 22,5% (23/102). Todas as amostras com VHC-RNA detectável foram RIBA positivo e tinham índex maior que cinco na relação S/CO. Em apenas duas amostras que tiveram resultado de RIBA positivo, o VHC-RNA não foi detectado. As 23 amostras com VHC-RNA detectável foram genotipadas, sendo 78,3% (18/23) do genótipo 1, 17,4% (4/23) do genótipo 3 e 4,3% (1/23) do genótipo 2. A positividade do anti-VHC associou-se com o uso de droga intranasal (< 0,001), com drogas injetáveis (< 0,001)) e ocorrência de DST (< 0,05). Diante dos resultados encontrados, observa-se que o RIBA apresenta um elevado número de resultados indeterminados, sendo necessária a realização do VHC-RNA para a confirmação da infecção pelo VHC. Indivíduos com resultado de anti-VHC índex menor que cinco e resultado de RIBA indeterminado têm grande probabilidade de não apresentarem o VHC-RNA detectável e portanto, de não estarem infectados pelo VHC, mas devem ser acompanhados sorologicamente, de acordo com o critério médico